Abstract
Sequence polymorphisms of the hyper variable regions I and II of human mitochondrial DNA were determined in a 99 non related individuals sample from the 'Antioquia' department. The procedures were made following the standardized protocols by the DNA laboratory of the Institute for each of the techniques. The sequencing of 342 nucleotides of the hyper variable region I (from position 16024 until 16365) and 268 nucleotides of the hyper variable region II (from position 73 until 340) of mtDNA were obtained for all the sampled individuals. The HVI region presented a higher number of polymorphic sites but a lower total number of mutations in relation to HVII, which has fewer polymorphic sites but a higher number of mutations. Position 16189 presented the highest variation frequency for the HVI region, corresponding to 58%. In the HVII region, position 315.1 obtained the highest variation frequency with 98%. The greatest number of differences with respect to the Anderson reference sequence was 27 mutations; a more detailed analysis of this sample showed 97% similarity with sequences from western pygmy populations (African populations). The most frequent type of change found was transitions with 72% for HVI and 59% for HVII compared with other types of polymorphisms. A single addition in the HVI region of a cytosine between positions 16193 and 16194 was observed. Some changes were found at positions 16200 (A to T), 16024 (T to G), 16066 (A to C), 16068 (T to C) and 16059 (A deletion), which have not yet been reported among sequence polymorphisms of the control region of mtDNA in the MITOMAP database. The Native American haplogroups A, B, C and D were defined through characteristic mtDNA sequence polymorphisms present in the HVI region and were found in 81% of the studied population. However, 18 individuals did not classify within the Native American haplogroups because they did not present the characteristic polymorphisms of these haplogroups. Haplogroup B presented the largest number of classified samples with 52%, followed by haplogroup A with 31%, and the lowest percentages were found for haplogroups C and D with 10% and 7%, respectively. Some samples that did not classify within haplogroups A-D showed relationships with populations of African, Oceanian and European origin. In order to strengthen the mtDNA identification service for use in the DNA laboratory of the National Institute of Legal Medicine and Forensic Sciences, a systematized database was established with the necessary information for forensic identification to compare sequences and assign frequency values to each of them, thus enabling calculations of the frequency of a mitochondrial DNA haplotype. Data from other regions of the country will later be added to this work to form a forensic database that can also be used as a reference by other researchers. In general, it was shown that these regions are useful molecular markers in the forensic field due to their high variability.
Se determinaron los polimorfismos de secuencia de las regiones hipervariables I y II del ADN mitocondrial humano, en una muestra de 99 individuos no emparentados, originarios del departamento de Antioquia, siguiendo los protocolos estandarizados por el laboratorio de ADN del Instituto para cada una de las técnicas. Se obtuvo la secuenciación de 342 nucleótidos de la región Hipervariable I (desde la posición 16024 hasta 16365) y 268 nucleótidos de la región Hipervariable II (desde la posición 73 hasta 340) del ADN mt para todos los individuos muestreados. La región HVI presentó un mayor número de sitios polimórficos pero un menor número total de mutaciones con respecto a HVII que tiene un menor número de sitios polimórficos pero un mayor número de mutaciones. La posición 16189 presentó la mayor frecuencia de variación para la región HVI que corresponde al 58%. En la región HVII se observó que la posición 315.1 obtuvo la mayor frecuencia de variación con 98%. El mayor número de diferencias respecto a la secuencia de referencias de Anderson fue de 27 mutaciones, al analizar más detalladamente esta muestra se observó un 97% de similitud con las secuencias de las poblaciones de los pigmeos del occidente (poblaciones africanas). El tipo de cambio que se encontró con mayor frecuencia fueron las transiciones con un 72% para HVI y 59% para HVII en comparación con los demás tipos de polimorfismos. Se presentó una única adición en la región HVI de una citosina entre las posiciones 16193 y 16194. Se encontraron algunos cambios en las posiciones 16200 (A a T), 16024 (T a G), 16066 (A a C), 16068 (T a C) y 16059 (deleción A), las cuales aún no han sido reportadas en los polimorfismos de secuencia de la región control del ADN mt de la base de datos de ADN mt de MITOMAP. Los haplogrupos amerindios A, B, C y D se definieron mediante polimorfismos de secuencia característicos del ADN mt presentes en la región HVI y se presentaron en un 81% en la población estudiada. Sin embargo, 18 individuos no clasificaron dentro de los haplogrupos amerindios, debido a que no presentaban los polimorfismos característicos de estos haplogrupos. El haplogrupo B fue el que presentó el mayor número de muestras clasificadas con un 52%, seguido del haplogrupo A correspondiente a un 31%, y el menor porcentaje lo presentaron los haplogrupos C y D con 10% y 7% respectivamente. Algunas de las muestras que no clasificaron dentro de los haplogrupos A-D presentaron relación con poblaciones de origen africano, de Oceanía y europeos. Con el fin de fortalecer el servicio de identificación por ADN mt para uso del laboratorio de ADN del Instituto Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses se estableció una base de datos sistematizada con la información necesaria de uso en identificación forense para realizar comparaciones de secuencias y asignar un valor de frecuencias a cada una de ellas, para así poder realizar cálculos de la frecuencia de un haplotipo de ADN mitocondrial. A este trabajo, posteriormente se unirán datos de otras regiones del país que formarán así una base de datos de utilidad forense y que pueda ser utilizada como referencia a otros investigadores. Se demostró de manera general que estas regiones son marcadores moleculares útiles en el campo forense, debido su alta variabilidad.
Se determinaron los polimorfismos de secuencia de las regiones hipervariables I y II del ADN mitocondrial humano, en una muestra de 99 individuos no emparentados, originarios del departamento de Antioquia, siguiendo los protocolos estandarizados por el laboratorio de ADN del Instituto para cada una de las técnicas. Se obtuvo la secuenciación de 342 nucleótidos de la región Hipervariable I (desde la posición 16024 hasta 16365) y 268 nucleótidos de la región Hipervariable II (desde la posición 73 hasta 340) del ADN mt para todos los individuos muestreados. La región HVI presentó un mayor número de sitios polimórficos pero un menor número total de mutaciones con respecto a HVII que tiene un menor número de sitios polimórficos pero un mayor número de mutaciones. La posición 16189 presentó la mayor frecuencia de variación para la región HVI que corresponde al 58%. En la región HVII se observó que la posición 315.1 obtuvo la mayor frecuencia de variación con 98%. El mayor número de diferencias respecto a la secuencia de referencias de Anderson fue de 27 mutaciones, al analizar más detalladamente esta muestra se observó un 97% de similitud con las secuencias de las poblaciones de los pigmeos del occidente (poblaciones africanas). El tipo de cambio que se encontró con mayor frecuencia fueron las transiciones con un 72% para HVI y 59% para HVII en comparación con los demás tipos de polimorfismos. Se presentó una única adición en la región HVI de una citosina entre las posiciones 16193 y 16194. Se encontraron algunos cambios en las posiciones 16200 (A a T), 16024 (T a G), 16066 (A a C), 16068 (T a C) y 16059 (deleción A), las cuales aún no han sido reportadas en los polimorfismos de secuencia de la región control del ADN mt de la base de datos de ADN mt de MITOMAP. Los haplogrupos amerindios A, B, C y D se definieron mediante polimorfismos de secuencia característicos del ADN mt presentes en la región HVI y se presentaron en un 81% en la población estudiada. Sin embargo, 18 individuos no clasificaron dentro de los haplogrupos amerindios, debido a que no presentaban los polimorfismos característicos de estos haplogrupos. El haplogrupo B fue el que presentó el mayor número de muestras clasificadas con un 52%, seguido del haplogrupo A correspondiente a un 31%, y el menor porcentaje lo presentaron los haplogrupos C y D con 10% y 7% respectivamente. Algunas de las muestras que no clasificaron dentro de los haplogrupos A-D presentaron relación con poblaciones de origen africano, de Oceanía y europeos. Con el fin de fortalecer el servicio de identificación por ADN mt para uso del laboratorio de ADN del Instituto Nacional de Medicina Legal y Ciencias Forenses se estableció una base de datos sistematizada con la información necesaria de uso en identificación forense para realizar comparaciones de secuencias y asignar un valor de frecuencias a cada una de ellas, para así poder realizar cálculos de la frecuencia de un haplotipo de ADN mitocondrial. A este trabajo, posteriormente se unirán datos de otras regiones del país que formarán así una base de datos de utilidad forense y que pueda ser utilizada como referencia a otros investigadores. Se demostró de manera general que estas regiones son marcadores moleculares útiles en el campo forense, debido su alta variabilidad.
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Facultad: FACUALTAD DE CIENCIAS BASICAS PROGRAMA BIOLOGIA IBAGUE. Tipo de pasta: Encuadernado. Color de la pasta: AZUL. Impresión: A una sola cara.